Powstanie Zalewu Czorsztyńskiego wiązało się z licznymi kontrowersjami i protestami. Już na początku XX wieku pojawiły się pierwsze plany utworzenia zapory na Dunajcu, ale dopiero w latach 80-tych i 90-tych doszło do ich realizacji. Efektem prac budowlanych było powstanie największej w polsce zapory ziemno – betonowej, która mierzy 404m długości i 56m wysokości. Przeciwko powstaniu tego niezwykle malowniczego zbiornika protestowały głównie środowiska obrońców przyrody. Jezioro Czorsztyńskie znajduje się bowiem pomiędzy dwoma, pięknymi pasmami górskimi: Gorcami i Pieninami. Wskutek powstania zapory, częściowo zostały zalane tereny rezerwatu „Skałki”, wchodzącego w skład Pienin Spiskich. Kompromisem, zadawalającym zwolleników i przeciwników projektu, było stworzenie sztucznej „Ptasiej Wyspy”, przy której jest zakaz cumowania, a która ma służyć jedynie ptakom w zakładaniu gniazd lęgowych. Dalej nad Jeziorem Sromowieckim, które jest zbiornikiem wyrównawczym, zamontowano specjalne bariery, które uniemożliwiają żabom wychodzenie na drogę.

Specjalnie dla tych płazów, wybudowano również Żabie Stawy, gdzie żaby spokojnie mogą składać skrzek. Fakt, iż w tym właśnie regionie występuje jeden z najrzadszych gatunków ptaków w Polsce – bocian czarny, wskazuje, że przyjazne współistnienie człowieka i przyrody jest możliwe. W celu utworzenia obecnego zalewu, wysiedlone zostały również całe wioski, w tym Czorsztyn i Maniowy, co pociągało za sobą duże zmiany społeczne oraz wielkie koszty.

Argumenty przeciw powstaniu zalewu, bardzo straciły na znaczeniu, już w roku otwarcia zapory, czyli 1997, kiedy to teren ten, podobnie jak wiele innych w Polsce nawiedziła powódź „stulecia”. Wtedy to, właśnie dzięki możliwośći piętrzenia wód przez zaporę w Niedzicy, oszczędzone zostały liczne wsie i miasteczka przed zalaniem przez wody Dunajca. Szacuje się, że w czasie największej fali powodziowej zespół zbiorników przechwytywał około 60% wzburzonych wód, zapobiegając prawdziwej katastrofie. Dodatkowym atutem oczywiście jest pozyskiwanie ekologicznie czystej energii, w wielkości ok. 160 mln kWh rocznie.

Pojawienie się zapory i towarzyszącego jej zbiornika znacznie wpłynęło na atrakcyjność turystyczną regionu. Obecnie linia brzegowa jeziora wynosi 27km i wzdłuż niej rozsiane są liczne miejscowości, które z roku na rok stają się coraz bardziej popularnymi miejscowościami wypoczynkowymi. Są wśród nich: Czorsztyn, Kluszkowce, Mizerna, Maniowy, Huba, Niedzica czy Dębno Podhalańskie.